Система управління Заболоттівського ліцею відповідає ст. 24 Закону України «Про освіту» № 2145-VIII від 05.09.2017 та Статуту закладу (затверджено рішенням Заболоттівської селищної ради від 26.11.2021 № 8/5).

Управління Заболоттівським ліцеєм в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:

     1) засновник – Засновником  Заболоттівського ліцею є Заболоттівська селищна рада Ковельського району Волинської області, заклад підпорядкований  гуманітарному відділу Заболоттівської селищної ради. Власник або уповноважений ним орган здійснює фінансування ліцею, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів.

     2) керівник закладу освіти – директор Заболоттівського ліцею Мороз Валентина Миколаївна. Директор Заболоттівського ліцею здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження  та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти.

     3) постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління Заболоттівського ліцею – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом Заболоттівського ліцею. Директор ліцею є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу Заболоттівського ліцею.

     4) колегіальний орган громадського самоврядування – Рада ліцею. Вищим органом громадського самоврядування Заболоттівського ліцею є загальні збори, що скликаються не менше одного разу на рік. У період між загальними зборами діє рада Заболоттівського ліцею. Очолює  раду Заболоттівського ліцею голова, який обирається із складу ради.

     5) органи самоврядування здобувачів освіти – учнівсько-президентська республіка "Ровесник";

     6) інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти. У Заболоттівському ліцеї створені і діють батьківські комітети класів, методичні об’єднання, комісії, учнівський старостат, положення про які затверджено педагогічною радою та  наказом.